משרד החינוך הגיש, על פי הנחיות בג"צ, את תשובת המדינה לעתירה שהוגשה לפני שנתיים על ידי תנועת 'ישראל חופשית' ואשר בבסיסה הטענה שנוצרה לכאורה אפליה בין החמ"ד ובין החינוך הממלכתי כתוצאה מתקצוב עודף לכאורה של הפרדה מגדרית בכיתות בחינוך הדתי.


 
כזכור, הפרדה מגדרית התקיימה בחמ"ד מאז ייסודו ולא קיבלה ביטוי בדמות תקציב עודף ייעודי.
 לפני כשנתיים החליט שר החינוך הקודם, הרב שי פירון, לתקצב שעות נוספות עבור הפרדה מגדרית בחמ"ד כפיצוי על תקציבים שקוצצו לחמ"ד. בג"צ ביטל את תוספת השעות הללו אך לא את עצם ההפרדה המגדרית עצמה שקיימת מקדמת דנא.
במשרד החינוך הדגישו כי בפועל אין שינוי. ההפרדה המגדרית תימשך כפי שהייתה תמיד, בד בבד עם מחויבות המשרד לעקרון השוויון.
ובלשון תשובת המשרד בעניין זה:
"כזכור, עניינה של העתירה בקיומה של הפרדה מגדרית בבתי הספר של זרם החינוך הממלכתי דתי. במהלך הדיון בעתירה ולשאלת בית המשפט הנכבד, השיב העותר כי לא יעמוד על עתירתו אם  פרקטיקת ההפרדה המגדרית תונהג בבתי הספר של החמ"ד אך לא תתוקצב".
 
"תרגום רש"י" של כתב 'פיתה' לדברים; הורי התלמידים בחמ"ד ימשיכו לממן מכיסם את עלות ההפרדה בין המינים.