הסכסוך הכספי סביב מתחם ישיבת אמי"ת כפ"ג, שבין העירייה לבין עמותת כפר הרא"ה שבזמנו, בהחלטת בית המשפט, לקחה את ניהול הישיבה לידיה, עד שהוצא ממנה לפני כשש שנים ע"י העירייה והועבר לניהול רשת אמי"ת, נמצא בשלבים מתקדמים של דיונים לקראת הבנות.
סלע מחלוקת עיקרית הייתה סכומי הכסף הגדולים שהוציא כפר הרא"ה בזמנו על בנייה, שיפוצים ותכולה במקום, סכומים המגיעים למיליוני שקלים. זה שנים שמתנהל מו"מ בין הצדדים, כולל מעורבות של בתי המשפט, ובימים אלה מתגבשת הסכמה על הסכומים, ומוחלפת טיוטת הסכמה בין היועצים המשפטיים הרלוונטיים. או אז הקרקע כולה תועבר לבעלות העירייה, מה שיאפשר לה גם לבנות עם כיתות לימוד במקום.

בנוסף, הצדדים הגיעו להבנה גם עם הישיבה החרדית השוהה עדיין בפנימייה שבצד המערבי של מתחם הישיבה התיכונית, שטח לו זקוקה הישיבה התיכונית, שגדלה מאוד במספר התלמידים. עם צאת הישיבה החרדית מהמקום, צפוי חלק מהמקום הזה להיהרס, כמו גם הפנימייה, גם ייבנו כיתות לימוד, או אז יוכלו לפנות את חטיבת הביניים של הישיבה התיכונית, הפועלת זה שנים במתחם 'נאות דוד', לשעבר, הסמוך לממ"ד אורי אורבך, ואזי המקום שיתפנה יוכל לשרת את ממ"ד אורי אורבך, המשווע לכיתות לימוד נוספות.