בג"ץ דחה את העתירות שהגישו עיריית פתח תקווה ומועצת דרום השרון בעניין הבנייה הצפויה במתחם סרקין, אך השופטים ציינו בפסק הדין כי מדובר בדחייה טכנית, שכן העתירות הוגשו בשלב מוקדם יחסית - טרם בוצע התכנון בפועל. השופטים ציינו כי כל טענות העותרות שמורות להן.
 
"לא נכחד כי העתירות כבדות משקל, אלא שהעתירות מוקדמות במובן זה שענייננו בהכרזה בלבד [...] משמעות הדבר כי ככלל הפנייה לבית משפט זה צריכה להיעשות לאחר מיצוי המנגנונים המנהליים והסטטוטוריים הקבועים בחוק ומאפשרים לעותרים להשמיע קולם ועמדתם באשר לתכנית", כך נכתב בפסק הדין.
 כזכור, במסגרת העתירה, שהוגשה על-ידי תושבי העיר פתח-תקווה ותושבי כפר סירקין באמצעות עו"ד אייל מאמו ודנה פריד ממשרד אגמון ושות' ועו"ד ישי שידלובסקי אור וגד טיכו ממשרד כספי ושות', נטען כי ההחלטה להכריז על המתחם כמיועד לטיפול הוועדה לתכנון מתחמים מועדפים לדיור (הותמ"ל) התקבלה בחוסר סמכות ותוך שהיא מבוססת על תשתית עובדתית חסרה שהוסתרה ממקבלי ההחלטות, דוגמת תוכנית מתאר ארצית ומחוזית. עוד טענו העותרים כי התוכנית לבניית כ-12 אלף יחידות דיור חדשות בסמוך למושב כפר סירקין ועל שטח המחנה הצבאי שצפוי להתפנות עשויה ליצור "טבעת חנק" סביב המושב וליצור עומסי תחבורה ללא פתרון.
 כבר במהלך הדיון שהתקיים ביום חמישי שעבר, השופטים הביעו עניין רב בטענות העותרים והסכימו עם הבעייתיות שבאופן התנהלות וקבלת ההחלטות בכל הקשור לסוגיה  של בנייתן של 12,000 יחידות דיור ועוד אלפי דונמים של שטחי מסחר באזור שמתוכננות לו בסך הכל כ-50,000 יחידות דיור.
השופטים הפנו ביקורת לבא כוחה של המדינה על העברת התכנית לותמ"ל מבלי שניתנה כל זכות שימוע למי שיאלצו להתמודד עם נזקי הבנייה ביום למחרת, ולאנשי מקצוע – מומחים ומהנדסים רלוונטיים, ואף הציגו בקיאות בנושא הותמ"ל: "בהחלטה כל כך משמעותית לחיי התושבים היה צריך להודיע לתושבים ולשמוע את עמדתם"; "איפה הנתונים והמסמכים שהוגשו לקבינט הדיור טרם קבלת ההחלטה על מתחמים אלה כמועדפים לדיור?" וכד'.
  ראש העיר פתח תקווה עתר לבית המשפט המחוזי עוד כשהתוכנית הייתה בוועדה המחוזית מיד עם אישור תכנית השלד. אך גם שם נדחתה העתירה בטענת "זמן מוקדם". יו"ר הוועדה המחוזית דאז דניאלה פוסק, נענתה לאפשרות של תיקונים בתכנית, אך יו"ר מטה הדיון יצחקי בחר להכניס את התוכנית כפי שהיא - במחטף לותמ"ל.

 עו"ד אלי פיטרו, יו"ר אגודת כפר סירקין: "העתירה נדחתה בנימוק שהוגשה טרם זמנה ובעצם קורא לנו להתנגד ולערער כנגד התכניות עצמן בהמשך, והתנגדות זו תיבחן בכובד ראש. מטרת הגשת העתירה כפי שהיא ובזמן הנתון היא תוצאה של התנהלות דרקונית חסרת מעצורים לאורך כל הדרך, ובמטרה להשיב את התכנון להליך המקובל – בטרם ייקבעו עובדות בשטח, שכן מרגע ההכרזה על מתחם כמועדף לדיור – האפשרות לשנות משהו בתכנית הוא אפסי. איננו נבהלים מפסק הדין ולמעשה המאבק עובר לשלב הבא ואגודת כפר סירקין וכל מטה המאבק יתנגדו לתכניות בכל שלבי התכנון וככל הנראה יגיע לבית המשפט במסגרת עתירה מנהלית שתוגש כנגד התכניות כפי שקרה באפולוניה".
 ראש העיר פתח תקווה, יצחק ברוורמן: "אני שמח שגם בית המשפט העליון קיבל את טענותיי, כי המהירות וקיצור ההליכים בנושאי תכנון יכולים להביא ליצירת פרויקטים העלולים להתברר כ'בכייה לדורות' כפי שאנחנו חוששים שיקרה לגבי תכנית סירקין, במתכונתה כעת.
גם בית המשפט ציין באופן חריג ש'ההיסטוריה ויש שיאמרו ההיסטריה הנוגעת למשברי דיור קודמים' מעלים את החשש שהטענות המועלות על ידי אכן יתממשו. אנחנו ממשיכים במאבק בכל המישורים העומדים לרשותנו לרבות פניה מחודשת לביקורת שיפוטית עם התקדמות ההליכים בותמ"ל במידה ולא יהיה שינוי בהליכים".
 
ירון קדושים חבר מטה מאבק סירקין וחבר מטה המאבק הארצי לבינוי שפוי:
 
 צר לנו על הדחיה, אך הדחיה היא טכנית. השופטים מסכימים לכל טענותינו כמעט. וזה הישג חשוב. כרטיס צהוב לכחלון ויצחקי. וחבל שיבוזבזו מיליונים רבים על תכנון שבסוף יבוטל.
 יצאנו למאבק הזה לפני 5 שנים חדורים באמונה וצדקת הדרך. מבוצע כאן מחטף תכנוני הרה גורל והרסני, בעל השלכות מסוכנות לאיכות החיים באיזור השרון והמרכז. במהלך הדיון בבג"ץ , קיבלנו שביב של תקווה לאור הערות השופטים וההזדהות שלהם איתנו. אך לא נכנסנו לאופוריה. בג"ץ אמר את האמירה שלו. אמירה חדה ונוקבת. הטענות צודקות.  אך מדובר בעתירה מוקדמת. בסוף התכנון כולו יתבטל אם ימשך באופן הנוכחי, לאחר השקעה של מיליונים רבים ושעות עבודה רבות. ואז נחזור לנקודת ההתחלה. על כחלון ויצחקי להתעשת ולהחזיר את התוכנית לוועדה המחוזית לתכנון שפוי והגיוני. תומך בתשתיות האיזור הקיימות והעתידיות.
מטה המאבק ימשיך להיאבק למען העיר פתח תקווה ותושביה, ומתוך שיתוף פעולה מלא של ראש העיר איציק ברוורמן, שאף עתירתו נדחתה. המאבק הנחוש שלו חשוב מאוד לעתיד המאבק ויש לכך חשיבות מכרעת, אמר קדושים. "