השבת הבעל"ט תהיה שונה מכל השבתות שידעה פתח תקווה מאז היווסדה. לראשונה, בעקבות נגיף הקורונה, מספר גדול של בתי כנסת הודיעו על סגירתם לתפילות ולשיעורים, בעקבות החשש להידבקות בנגיף. חלק מבתי הכנסת החליטו לפעול, לפי שעה, תחת מגבלות משרד הבריאות, של עשרה אנשים במניין, לא יותר, ושמירת מרווח של 2 מטר האחד מהשני.
הרב הראשי לפ"ת, הרב מיכה הלוי שלח היום לרבנים ולגבאים מכתב בו ביקש "לדייק היטב בקיום תפילות ציבור בבתי הכנסת על פי הנחיות משרד הבריאות".

הרב הראשי לפ"ת הרב מיכה הלוי
להלן הנחיותיו של הרב מיכה הלוי:
"יש לקיים תפילה בציבור בבתי הכנסת במניין עד 15 איש בלבד, בשמירת מרחק של 2 מטרים זה מזה, כדי להבטיח תפילת ציבור בכל קהילה.
יש לפרסם את זמני תפילות העמידה בערבית, שחרית, מוסף ומנחה לבני הקהילה.
הגבאים יזמינו מראש 15 מתפללים לכל תפילה, ואך ורק הם יבואו להתפלל. לאחר מספר האנשים הנ"ל, יש לסגור את בית הכנסת מבפנים ולהודיע במודעה בחוץ שאין כניסת מתפללים, אלא מוזמנים.
בקריאת התורה יעמדו בעל קורא והעולה בלבד משני צידי הבימה ויזדרזו בקריאה בלא 'מי שברך'.
יש להעדיף להזמין את האבלים ובעלי היארצייט בשבוע.
בכל מקרה לא יוזמנו האנשים שבקבוצות הסיכון  ולא יבואו להתפלל במניין.
כל הנשארים בביתם לא יארגנו מניין באיזור ביתם אלא יתפללו תפילות העמידה בזמן התפילה בקהילתם.
רבני וגבאי בתי הכנסת החושבים שלא יוכלו לעמוד בהנחיות אלו, יסגרו את בתי הכנסת לחלוטין".
כאמור, מספר גדול של בתי כנסת הודיעו כי יישארו סגורים, לפי שעה.
מגפת נגיף הקורונה – היערכות לשבת קודש
 להלן התייחסותו של הרב הראשי לישראל הראשון לציון הגר״י יוסף בנוגע לדרכי ההתנהגות בשבת קודש בצל מגיפת נגיף הקורונה. 
"ראשית, יש להקדים, כי אנחנו סומכים לגמרי על החלטות הרופאים, ומחויבים שלא לסור מהנחיותיהם, ובכלל זה גם לענין חילול שבת במקום שיש חשש פיקוח נפש אשר הוא דוחה את כל התורה כולה, וכמו שאמרו חז"ל במסכת יומא (פה:), חלל עליו שבת אחת כדי שישמור שבתות הרבה, וכן למדו ממה שנאמר בפסוק "וחי בהם" ולא שימות בהם. ולכן במקום חשש חולי שיש בו סכנה, מצוה לחלל עליו את השבת, והזריז הרי זה משובח, והשואל הרי זה שופך דמים, וכמבואר בשלחן ערוך או"ח (סי' שכח סעיף ב).
*סגירת בתי כנסת* - לגבי סגירת בתי הכנסת, הנה אם הצבור שומע לגבאים, יש להשאיר את בתי הכנסת פתוחים, ולא ייכנסו למקום אחד יותר מעשרה. ויארגנו מנינים גם בחדרים הסמוכים לאולם המרכזי של בית הכנסת ובתנאי שהם מרווחים דיו לשמירת מרחק בין המתפללים כפי ההוראות. ובמקום שהאנשים רגילים לצאת ולבוא בו, ואין שליטה לגבאים למנוע מצבור גדול מלהיאסף ביחד יותר מעשרה, הנכון לסוגרו עד יעבור זעם. וה' ירחם וימנע מגיפה מנחלתינו.
 *בתי כנסת שבבתי חולים* -  ובעניין השאלה לגבי בתי כנסת שבתוך בתי החולים, יש להורות לסגור את כל בתי הכנסת הללו בימים אלה, כיוון שהמחלה הנ"ל פוגעת בעיקר במי שמערכת החיסון שלו נמוכה, ובדרך כלל המתפללים באותם בתי כנסת הם החולים והרופאים אשר סכנתם מרובה יותר, מה גם שבדרך כלל בתי כנסיות אלו קטנים וצפופים, וקשה מאוד ליישם את הוראות הרופאים שלא להתקהל יותר מעשרה בני אדם, וכן להתרחק לפחות שני מטרים בין אדם לאדם. ועת לעשות לה' הפרו תורתך.
 *ברכת מעין שבע* - אותם המתפללים באולם ביהכ"נ יאמרו בליל שבת ברכה מעין שבע כרגיל, אבל המתפללים בחדרים הסמוכים לאולם המרכזי, אין לומר שם ברכה מעין שבע, שהרי לא מתפללים שם במשך כל שבתות השנה. שאין אומרים ברכה זו אלא במקום קבוע לתפלה. ואם מתפללים בחדרים הסמוכים בכל שבתות השנה, אף אם אין שם ספר תורה מברכים ברכה מעין שבע. וכן אותם המארגנים מניינים נפרדים בבתים, או בלובי של הבניין, אין להם לומר שם ברכה מעין שבע.
 *טלטול ספר תורה* - במקומות שיכולים להשיג ספר תורה ולהביאו לבתי מער"ש, יקפידו להניחו בצורה מכובדת, עטוף בטלית, והמביאים ס"ת ברכב אין צריך שעשרה ילוו את הס"ת, ואין צריך להביא ב' ספרי תורה, ויקראו השבת פרשת החודש באותו ס"ת, ויאמרו קדיש אחר עליית שביעי [משלים, ואחר המפטיר[.
 *תשלומין לקריאה בתורה* - צבור שלא השיגו ס"ת בשבת זו, והתפללו במניין באחד הבתים, הנכון הוא שבשבת הבאה אם המצב ישתפר הכהן יעלה ויקראו לו את כל פרשת ויקהל פקודי וג' פסוקים מפרשת ויקרא. ושאר הקרואים יעלו בפרשת ויקרא. ואין צריך לקרוא פרשת החודש בשבת פרשת ויקרא.
 *תפלה באמצעות רדיו וטלפון* - בימי החול מי שאין לו אפשרות לארגן מנין מצומצם בביתו, יבקש מאחד ממכריו שיעמיד טלפון פתוח ליד השליח צבור, וישמע את כל התפלה, ויתפלל שמונה עשרה עם הש"צ, ויענה אמן על הברכות של החזרה, של הקדיש, וכו'. ועונה גם קדושה. ואמנם אין הדבר נחשב כ"תפלה בצבור" אבל לכל הפחות הדבר נחשב כתפלה בשעה שהצבור מתפלל, שיש בו מעלה כמבואר בריש ברכות, וגם מרוויח שעונה לקדיש ולקדושה.
 *טלפון פתוח בשבת* - אין ספק שכל מי שנבדק לקורונה עליו להשאיר בשבת מכשיר פלאפון זמין שיוכל לענות להם, אם רואה שהשיחה מגיעה מקופת החולים, ואז יוכלו לעדכנו על מצבו, ולאן עליו להתפנות. וגם כשיש ספק אם השיחה מקופת החולים, יש לענות.
 *שבע ברכות* - אם עורכים שבע ברכות בשבת חתן למנין מצומצם, למנהגינו אין מברכים שבע ברכות אלא אם הסעודה נעשית בבית החתן, ויש שם ב' פנים חדשות. ואם עורכים בימי החול חופה בחדר אחד במעמד עשרה גברים, ועוד עשרה יושבים בסעודה בחדר השני הסמוך, מברכים שבע ברכות בסעודה בכל חדר, אף שהחתן אכל רק בחדר אחד.
והשי"ת ישלח רפואה לכל החולים, וימנע מגיפה מנחלתינו, אמן"
להלן אגרת ששלח הרב ד"ר אמיר משיח, רב קהילת צעירי כפר גנים ג' לחברי הקהילה, במהלך השבוע.
"חברות וחברים יקרים. אני יושב בדקות אלה ולבי סוער בקרבי. ולא כמליצה בעלמא. רגשות מעורבים מציפים אותי.
אנחנו נמצאים בימים טרופים, כידוע. הגענו לימים בהם אנו רואים בחוש ש"אין לנו על מי להישען אלא על אבינו שבשמים". איננו מורגלים בהרגשה שכזו. אנו מאמינים בשיתוף פעולה בין עליונים לתחתונים, בין סייעתא דשמיא ובין ההשתדלות האנושית. הדברים נכונים גם עכשיו. אין זו אמירה של ייאוש חלילה. בשום אופן לא. אלו ימים שאנו מייחלים לסייעתא דשמיא, ומתפללים להצלחת אנשי המדע והרפואה, שימצאו ארוכה למכותינו. ועד שיעלה רצון מלפניו לפתוח שערי חוכמה בינה ודעת, אנו נדרשים לציית בקפדנות להוראות אנשי הרפואה ומשרד הבריאות.
כולנו מכירים את המציאות המורכבת בימים אלה: הילדים בבית, אנחנו עובדים מהבית, וכולנו ממעטים ומתנזרים מיציאה לרחובות העיר, קניונים או שאר מקומות התקהלות.
ההנחיות מדברות על 10 אנשים, אולם מהאמירות המושמעות מידי ערב, ניתן לראות שגם המספר 10, אינו מומלץ כלל. לא רחוק היום, או שמא נאמר השעה, בה יוכרז שכל יציאה מהבית, למעט מקרים דחופים, הינה אסורה. לא כהנחיה, אלא כהוראה מחייבת.
ואנחנו, כאנשים המצייתים לחוק, כאנשים הרואים בחוק האנושי כהשתקפות של הרצון הא-לוהי, לוקחים את הדברים בשיא הרצינות, האזרחית והדתית.
אשר על כן, אנו נאלצים לסגור את שערי בית הכנסת שלנו, בימי חול ובשבת!
אמרתי בתחילת דבריי, שרגשות מעורבים מציפים את לבי. למען אמת, גרוני חנוק ודמעות מציפות את עיני. אני עצמי תמה מדוע. התשובה כנראה מורכבת. מחד גיסא, לסגור שערי בית כנסת, מקום בו תפילתנו נשמעת, מקום של תפילה בציבור, ולימדונו חכמים שאין תפילת ציבור חוזרת ריקם, "מנין שאין הקדוש ברוך הוא מואס בתפלתן של רבים, שנאמר: הן א-ל כביר ולא ימאס" (ברכות ח' ע"א), והרי זו שעה של תפילה מעומק הלב, באיחול ובתפילה לימים טובים ולחזרה לשגרה. ובכלל, התפילה היא השיח בינינו לבין ריבונו של עולם, והאם זה הזמן לסגור שערי בית כנסת?! ולכן הדימעה.
מאידך גיסא, יש לבשר הוראה כזו גם בגיל. כן, בגיל, כמה שזה נשמע מוזר. בסוגרינו את שערי בית הכנסת שלנו, אנו מקיימים מצוות חשובה יותר, "ונשמרתם מאוד לנפשותיכם", "הישמר לך ושמור נפשך מאוד", "וחי בהם, ולא שימות בהם". ואם כך, הרי שמצווה עושים בשמחה ולא בדמע. ולכן רגשותיי מעורבים.
ושמא נאמר, ששני הדברים נכונים. בפיוט הספרדי "עת שערי רצון להיפתח" מהמאה ה-12, העוסק במסע של אברהם אבינו ויצחק בנו להר המוריה, שם יעלה אברהם את יצחק לעולה, אומר הפייטן:
"הֵכִין עֲצֵי עוֹלָה בְּאוֹן וָחַיִל;
וַיַּעֲקֹד יִצְחָק כְּעָקְדוֹ אַיִל;
וַיְהִי מְאוֹר יוֹמָם בְּעֵינָם לַיִל;
וַהֲמוֹן דְּמָעָיו נוֹזְלִים בְּחַיִל;
עַיִן בְּמַר בּוֹכָה וְלֵב שָׂמֵחַ;
עוֹקֵד וְהַנֶּעְקָד וְהַמִּזְבֵּחַ".
כן, "עַיִן בְּמַר בּוֹכָה וְלֵב שָׂמֵחַ". העין בוכה על התוצאה הצפויה, אבל הלב שמח - לעשות רצון ה'.
וכך גם אנו, מכריזים על סגירת בית הכנסת "עַיִן בְּמַר בּוֹכָה וְלֵב שָׂמֵחַ".
וכך, ברגשות מעורבים, נתפלל, ביחידות (ביחד עם הילדים. זו הזדמנות לשמש מופת חינוכי), מעומקא דליבא, לא-ל נורא עלילה, שיזכנו ל"בְּיוֹם חֲבֹשׁ ה' אֶת שֶׁבֶר עַמּוֹ וּמַחַץ מַכָּתוֹ יִרְפָּא". "עושה שלום במרומיו הוא יעשה שלום עלינו ועל כל עם ישראל ואמרו אמן"."