אחד התחומים החשובים והרגישים בפעילות המועצה הדתית היא מחלקת הכשרות. זו מטפלת בכלל נושא הכשרות, כולל מתן היתרי כשרות לעסקי מזון וכן פיקוח מתמשך על מנת לוודא כי מתקיימים כללי הכשרות. המועצה הדתית מנפיקה תעודת כשרות לעסק שעמד בדרישות הרב האחראי, ולאחר מכן מקיימת פיקוח שוטף ורציף. המחלקה אחראית על כ-380 עסקים.
במועצה הדתית פ"ת קיימים שלושה סוגים של היתרי כשרות: כשרות ברמה רגילה, כשרות "מהדרין" כמנהג ספרד וכשרות "בהידור הכשרות" כמנהג אשכנז.
הרב הראשי מיכה הלוי אחראי מבחינה הלכתית על מחלקת הכשרות ואילו מנהל המחלקה אחראי מבחינה אדמיניסטרטיבית על פעילות המחלקה.

הביקורת מצאה כי אחד המפקחים במחלקת הכשרות, בפועל אינו משובץ לפיקוח על עסקים ואינו קיים כבעל הרשאה במערכת 'בודק כשרות'. עובד זה מקבל שכר כעובד מועצה אולם אינו מבצע כל עבודה במסגרת המועצה בכלל ומחלקת הכשרות אליה הוא משובץ בפרט. בעקבות הערת הביקורת נמסר כי ביולי 2015 העובד פרש לפנסיה מוקדמת בהמלצת הצדדים. "הביקורת רואה בחומרה את אוזלת היד של המועצה בכך שעובד זה הועסק שנים רבות ללא שעבד בפועל".
מפקח אחר במחלקת הכשרות מסרב למלא דוחות באמצעות תוכנת 'בודק כשרות'. הרב הראשי אישר לו למלא ידנית, אך נמצא כי הדוחות  הידניים ממולאים כלאחר יד, במשרדי המועצה ולא בבית העסק בו כביכול נערך הפיקוח, כמו כן הדוחות ממולאים עבור שבועות בדיעבד ולא ביום בו נערך כביכול הפיקוח.
מבדיקת הביקורת עולה כי עובד זה נצפה מחוץ לתחומי העיר בזמן שעות העבודה, ואף מילא דוחות פיקטיביים של עסקים בהם ביקר לכאורה, בזמן שהותו מחוץ לעיר!!!
מפקח כשרות שלישי, על פי מערכת המחשב, הגיע לשמונה בתי עסק בלבד בחצי שנה שנבדקה בידי הביקורת (לעומת 508 ביקורים של מפקח אחר, 666 של אחר ו-630 ביקורי כשרות של מפקח אחר נוסף). הוא אינו ממלא אפילו דוחות ידניים, אין תיעוד מספק על עבודתו כמפקח. הביקורת התרשמה כי עובד זה אינו מבצע עבודתו כראוי וממליצה לסיים העסקתו.
מבקרת העירייה ממליצה לנקוט צעדים משמעתיים כנגד שני מפקחי כשרות, שלבדיקתה אינם מבצעים פיקוח בעסקים כנדרש. כמו כן ממליצה הביקורת ביחס לרב מפקח במחלקת הכשרות  כי עליו לבצע פיקוח בעסקים ככל יתר המפקחים באופן עצמאי, ולחילופן ממליצה לבדוק סיום העסקתו.

מניתוח הגיליונות האלקטרוניים שמנהל מנהל מחלקת הכשרות עולה כי ישנם 65 עסקים שלא מונה להם מפקח, כלומר, לאחר שהונפקה להם תעודת כשרות, אין פיקוח עליהם שהם עומדים בתנאים. מנהל המחלקה מסר כי עסקים אלה מצויים תחת פיקוח המפקחים מטעם הרב הראשי, שאינם עובדי המועצה הדתית.
הביקורת העלתה כי הפקת תעודת כשרות מבוצעת על ידי מזכיר הרב ועל ידי אדם נוסף שאינו עובד המועצה דתית, ללא  פיקוח ובקרה של מנהל מחלקת הכשרות. כמו כן נמצא במחלקת הידור הכשרות 8 עסקים פעילים, בעלי תעודת כשרות, שלא נמצאה קבלה עבור תשלום האגרה בגינם.
הביקורת סבורה גם, כי ביקורים חוזרים של אותו מפקח באותו בית עסק במשך שנים עלולים ליצור יחסים אישיים בין המפקח לבין העסק לחילופין, עשויים להקשות על איתור ליקוים נוספים בבית העסק ולכן לדעת הביקורת רצוי כי בית העסק ייבחן בידי פקחים שונים, בעלי עין בוחנת שונה.
המלצות נוספות של הביקורת:
למנות מפקח לעסקים שנמצאו ללא פיקוח המועצה הדתית.
גם מצאה כי יש שלושה אנשים היוצאים לשטח ועורכים פיקוח מהדרין מטעם הרב הראשי. יש להם הרשאה למלא דוחות, אחד מהם אף אחראי להפקת תעודות כשרות. לדברי עוזר הרב, שכרם ממומן באמצעות עמותות ותרומות.
הביקורת סבורה כי מתן הרשאה למי שאינם עודי המועצה הדתית הינה פסולה מן היסוד. "הסמכות לפנות לבתי עסק ולהיכנס לזורים שאינם נגישים לציבור הרחב, קיימת אך ורק לפקחים שהינם עובדי המועצה הדתית ואין למועצה הדתית או למי מטעמה לתת סמכות זאת ידי אנשים שאינם מעובדי המועצה".
המועצה הדתית הגיבה לדוח: אחד האנשים נמצא בחו"ל כבר תקופה ארוכה ואינו מסייע למחלקה. שני הנותרים אושרו לעבודה בתקן זמני במקומו של עובד שנעדר בגלל תאונת עבודה".
המלצות נוספות של המבקרת:
איחוד פעילות מחלקת כשרויות עם מחלקת הידור הכשרות- מהמועצה הדתית נמסר כי המלצה זו  כבר יושמה.
ניהול תיק עוסק לכל העסקים במחלקת הידור הכשרות.
בירור תשלום האגרות במחלקת הידור הכשרות וגבייה ככל שנדרש.
פיקוח על העסקים במחלקת הידור כשרות באמצעות מערכת 'בודק כשרות'.
העסקת משגיחים בעסקים שבמחלקת 'הידור כשרות' ע"י החברה שזכתה במכרז מול המועצה ולא על ידי בתי העסק עצמם, כפי שנהוג ביתר בתי העסק שתחת  פיקוח המועצה.
תגובת המועצה הדתית: תוך כדי הביקורת הוסדרה פרישת הרב לגימלאות ומחלקת הידור הכשרות תאוחד עם מחלקת המהדרין. כל הערות המבקרת בנוגע למחלקת 'הידור הכשרות' ייושמו.
כתב 'פיתה' מוסיף כי מאז נכנס הרב הראשי מיכה הלוי לתפקידו, הוא מטפל בנושא הכשרות במלוא המרץ, הוריד לשטח הנחיות למפקחים ולבתי העסק המפוקחים, הגביר את האכיפה, והדבר מקבל תגובות חיוביות מאוד בשטח.

צילום שער אילוסטרציה: morguefile